W trakcie podawania fluoresceiny mogą wystąpić nudności (2–4% pacjentów), a ponadto wymioty (zwłaszcza, jeśli byli po obfitym posiłku), omdlenia, świąd. Zdarza się, że fluoresceina dostanie się poza żyłę. W takim przypadku zwykle pojawia się ból w okolicy wstrzyknięcia. W czasie robienia zdjęć występują błyski światła (jak przy fotografowaniu z lampą błyskową), po których przez krótki czas utrzymuje się czerwony obraz przed oczami.
U pacjentów z niewykrytą jaskrą zamkniętego kąta mogą wystąpić powikłania po podaniu leków rozszerzających źrenicę. W wyniku tego może nastąpić jatrogenny atak jaskry, który objawia się poprzez silny ból oka i niekiedy ból głowy, a także pogorszenie widzenia. Czasem mogą wystąpić nudności i wymioty. Gałka oczna jest twarda z powodu wysokiego ciśnienia ocznego. Atak występuje najczęściej kilka godzin po podaniu leków rozszerzających źrenicę. W razie ataku należy jak najszybciej skontaktować się z lekarzem okulistą. Jeśli jest to niemożliwe, można zażyć tabletkę Diuramidu (o ile nie ma przeciwwskazań do jego stosowania), wpuścić do oka lek zwężający źrenicę - Pilocarpinę 2% lub 4% i starać się jak najszybciej dotrzeć do okulisty.

Naturalne po podaniu fluoresceiny żółte zabarwienie skóry utrzymuje się przez 6–12 godzin, a intensywne zabarwienie moczu ustępuje po 24–36 godzinach.

Jeśli planuje się wykonanie badań radiologicznych do 36 godzin po podaniu fluoresceiny, należy pamiętać, że ich wyniki mogą być błędnie interpretowane ze względu na silne zobrazowanie w promieniach X układów narządów wydalających fluoresceinę (np. nerek i dróg moczowych).
W ciągu 3–4 dni po podaniu fluoresceiny niektóre wyniki analizy krwi i moczu mogą być nieprawidłowe.